國保納保對象為未具軍公教勞各種保險者，也就是沒有工作或家庭主婦等對象，開辦以來，由於政府只補助四成，又沒有雇主負擔，每月保費932元，繳費率始終低迷不振，直到前幾年才破五成，達到直56%。在340萬被保險人中，就有100多萬人有欠費紀錄，從未繳過一毛錢者，更有42.5萬人。
國保還訂有少見的配偶罰則規定，也就是被保險人欠費，不罰本人、處罰配偶，被喻為「婚姻懲罰條款」。勞保局表示，當初立法認為國保被保險人以家庭主婦居多，要求配偶負連帶保費責任，目前每年會針對所得高的配偶開出200張罰單。實務上，有些配偶可能已分居或是不在國內，應否處罰配偶也出現爭議聲音。
