風險經常伴隨著事件而存在，無論是剖腹生產或自然分娩，不但皆存在相同的生產風險，不同的生產方式也各自存在不同的一般性風險。
分娩時發生子癲症、羊水栓塞與產後嚴重出血等產科急症，此些無法預知、發生率偏低、緊急，並潛藏致死率的生產風險，不會因選擇自然生產或剖腹生產而有太大的差異，除此之外，以目前的醫療環境而言，「生產行為」非常安全，因此，即便是沒有剖腹產適應症的孕媽咪，對於生產方式反而也有了選擇機會，而不同的生產方式，也同樣存在一般性的選擇風險，即便不致危害產婦性命，但一樣適合讓孕媽咪於選擇時事先了解，以下針對剖腹生產與自然分娩可能出現的風險說明如下：
麻醉風險：為了使手術順利進行，剖腹生產一般會進行半身麻醉，如同任何藥物都有可能的副作用，麻醉藥物注射對少數患者亦有可能產生副作用或併發症，其中最嚴重者，包含對麻醉藥劑過敏或麻醉注射所造成的神經損傷，但兩者發生機率皆極低，媽咪可不用過於擔心。
沾黏風險：剖腹生產時，醫師必須以手術刀切開腹部與子宮，將胎兒取出，被切開的身體組織在術後修復時，有可能造成周邊組織沾黏，其中腹腔器官的沾黏，可能造成日後經常性的下腹疼痛不適；膀胱部分的沾黏，則可能讓媽媽日後有小便解不乾淨的狀況。
任何外科手術的進行都仰賴醫師的熟練度與技巧，絕大多數的醫師會儘可能減少術後腹腔沾黏的機會，但同時也建議孕媽咪若有疑慮，可考慮於術中自費使用防沾黏貼片，幫助大幅減少腹腔器官沾黏的機會。
感染風險：在正常的情況下，剖腹生產的手術時間短，出血量可以儘可能在醫師的掌握下減少，除非遇到意外狀況或手術時間無法縮短的情況，以致出血量增加，使感染的風險相對提高。但毛士鵬醫師也強調，隨著現今抗生素藥物使用觀念的正確與抗生素藥物的進化，現行剖腹產的感染風險已大幅下降，剖腹傷口部分，也只要產婦術後遵循醫囑適當照護，即有助傷口順利癒合。
寶寶肺部功能較差：自然生產時，胎兒因為經過產道，使肺部受到擠壓、促進肺部活動與羊水排出，有助於寶寶出生後肺部功能成熟，相較之下，剖腹產將寶寶直接從子宮中取出，少了產道擠壓的促進動作，不少媽咪擔心是否會因此延緩寶寶的肺部成熟，毛士鵬醫師認為不盡然，因為一旦具備剖腹產適應症而須以手術方式產下寶寶，醫師會確保胎兒的肺部趨於成熟後，再安排手術（約於妊娠38周後）取出胎兒，除非有特殊狀況，在考量母胎安危的前提下必須提前動刀，如有必要，也會為胎兒注射肺部成熟劑，並在產後給予最大支持，讓寶寶能在完善的照顧下安然出院，媽咪無須太擔心。
自然生產是哺乳動物天生自然的能力，但即便如此，自古到今，自然分娩同樣存在風險，其中包含接生者或醫師，永遠無法準確預知每一位產婦是否一定能順利娩出寶寶，毛士鵬醫師舉例，依照醫師經驗，超音波對胎兒大小的預估有300g～500g的誤差，對比媽媽的身高與測量出的骨盆寬度，雖然多數可在預估下順利完成分娩，但仍可能發生如：165公分的產婦生不出2,900g寶寶而必須改採剖腹生產的例子；其他風險也包含可能發生陰道撕裂傷，或是無法準確斷定每個產婦的產程，而必須接受可能暴露的風險，就像17個小時長時間駕車於馬路上，比起只駕車上路20分鐘，風險高出好幾倍，同樣，當自然分娩的產程時間拉長，就會提高暴露於風險中的可能性。
雖然剖腹生產與自然分娩的一般性風險都能在妥善應對下獲得控制，但在無剖腹產適應症的前提下，自然產仍是婦產科醫師優先的建議，除了兩相比較下，剖腹產的好處沒有大於自然產、自然產的生產風險沒有大於剖腹產之外，其中自然產產後復原快，使媽媽體力恢復快、銜接母乳哺餵與育兒生活亦相對能較快上手，就能夠帶給媽媽許多好處。
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